Em 2000, a Câmara Municipal de Lisboa adquire um antigo armazém na Rua do Vale, na freguesia das Mercês, destinado a ser o atelier do artista e mais tarde, museu a integrar a rede de estruturas museológicas do Município.

A obra de requalificação, segundo um projecto de Álvaro Siza Vieira, que desde o início procurou conjugar esses dois destinos, prolongou-se por vários anos e, em 2010, o artista propôs abdicar do seu uso como atelier, tornando possível antecipar a inauguração do espaço como museu. O nome do equipamento que veio a ser criado – Atelier-Museu – transporta a memória do programa fundador e adequa-se às características funcionais do espaço.

De recorte austero e linhas depuradas, integrando-se discretamente na malha arquitectónica do bairro, o edifício, composto por dois pisos, apresenta um corpo central de área expositiva, duas reservas, zonas de serviço, escritório e recepção, escondendo um pátio exterior em seu redor por onde é feito o acesso dos visitantes.

Dispõe ainda de um conjunto de equipamentos de auditório, com meios audiovisuais e capacidade para 60 lugares sentados, adaptável ao espaço e a cada situação pontual, permitindo a realização de conferências, lançamento de livros/catálogos e o acolhimento de outros eventos.